5. How to collect and manage samples

I. 样本收集方法

样本要求：通过临床病理学诊断，确诊为目标癌症（如肝癌、结直肠癌等），除该癌症外无其他重大疾病。

1. 血浆

• 样本体积：10ml 全血，可得到约5ml血浆

• 抽血方式：标准外周静脉取血（K2EDTA抗凝真空管取血）

• 血样处理：采血后应两小时内立即处理成血浆，于-80℃储存（处理方式见下文）。

• 采血管选择：EDTA-K2 (Greiner 454024/454020/456023)；候选：BD K2EDTA (BD PAS 367525/366643)

• 处理方法：

1）血液样品应在收集后2小时内处理完毕，处理过程注意避免RNA酶污染

2）采用21gauge采血针，通过外周静脉穿刺收集10ml全血放置于 K2EDTA抗凝静脉真空采血管，轻轻颠倒8-10次

3）在4℃下1,900 x g离心10min

4）将上层清液转移到新管中，避免触及管底沉淀

5）在室温下将上清液再次离心，16,000 x g离心10min

6）将上清液转移至新管中，避免触及管底的沉淀

7）将处理后的得到的血浆分装为0.5ml/管，并储存于-80℃冰箱

2. 组织样本

• 样本体积：0.5 x 0.5 x 0.5 cm3

• 样本类型：配套的癌症组织、癌旁正常组织（>2cm）、PVTT/转移组织样本

• 取样方法：手术中取新鲜组织，离体后30min内迅速置于液氮中，之后于-80℃或液氮中储存

3. PBMC

• 样本体积：10ml 全血

• 处理方法：

1）采用类ficool分离液方法分离PBMC细胞，本实验选择动物外周血PBMC细胞分离液试剂盒（TBD，货号WBC1077K）

2）取一只无菌硅化离心管，先加入5ml分离液

3）取上述血浆分离过程中的第一次离心剩余部分，小心驾驭分离液液面上，500-800 x g 离心20-30min

4）吸取所有环状乳白色细胞层，加入10ml 清洗液，混匀细胞。250 x g 离心10 min ，弃去离心后的上清液

5）重复上一步洗涤2-3次，即得PBMC细胞

6）按DMSO（或甘油）：血清=1:9配置细胞冻存液，取1ml加入处理后得到的PBMC细胞，转移到冻存盒中并储存于-80℃冰箱；或直接将PBMC细胞溶解于RNA裂解液中，并储存于-20℃冰箱

II. 样本管理

1. 管理方法

每种癌症/正常人样本由相应的负责人进行管理，包括维护样本信息表、病例信息、样本整理、样本使用情况更新情况，组内成员需使用样本时，需提前向负责人申请并登记，由负责人从冰箱取出并更新记录。

2. 样本储存

• -80度冰箱（生物技术馆 3305房间）

第一列：协和样本

第二列：北医肠癌、胃癌、肺癌样本

第三列：正常人、肝癌样本

3. 样本记录

腾讯文档

• Sample Summary — 思琦
• exRNA-panel — 思琦

  • HD — 少贞
  • Stomach 思琦 → 少贞
  • Liver 少贞 → 俣寰
  • Lung 思琦 → 俣寰
  • Colon 思琦 → 鹏飞
  • Others: Esophagus, Breast 思琦 → 鹏飞

4. 注意事项

• 每种癌症信息存储为一个文件

• 每个合作单位来源的样本存储为单独的sheet

• 需要记录样本取样时间、样本体积、收样人、存储位置等，并在每次使用后更新剩余样本体积

• 每次操作需要记录样本使用体积、操作内容、RNA浓度、操作人、操作时间等